Da der Jediorden Teil der Republik ist, hat sie es von Anfang an gewusst. Also von einem gewissen Standpunkt aus. Davon ab, wurde das Wissen geheim gehalten. Aus Sicherheitsgründen oder so. Es wurde meines Wissens nie publik gemacht. Nichtmal als Doku in Sithfarbe kämpfte.
Was Yoda angeht, stand mehr die Frage im Raum, warum er in die Handlung nicht aktiv eingreift. Immerhin wurde seine Sinne und die des Ordens ja erst im Vorgeplänkel der Klonkrirge vernebelt. Zu Zeiten von The Acolyte sollten die Jedi die Probleme eigentlich nicht haben. Noch so ein Ding, das nie erklärt wurde.
