Formuliere diese Frage doch bitte nochmal genau aus. Ich bin grad zu sehr abgelenkt, als daß ich mir zutrauen will, da wirklich alles aus dem Kontext zu erfassen 
Viele der großen Unternehmen, die als Spitze der Bewegung angesehen werden, haben mit Methoden ihre Machtstellung verteidigt, die nicht wirklich vertretbar sind und wogegen die Republik wie ein zahmes Kätzchen wirkt. Versklavung, Ausbeutung von Arbeitern, das Auslöschen von ganzen Spezies... die Handelsföderation und Co sind nicht wirklich moralisch übergeordnete Instanzen, sondern genauso aufgeblasene Monster wie die Regierung, die hier lediglich um ihre eigenen Interessen kämpfen.
Im Gegensatz dazu sind die ganzen "Freiheitskämpfer", die sich hier aus ihrer Ideologie heraus den Seperatisten angeschlossen haben, wirklich die Rebellen, denen man gerne sein Herz schenken will. Insofern muß man hier sehr stark zwischen den einzelnen Elementen der Konföderation unterscheiden.
In der Öffentlichkeit, ja. Weil ich denke, daß die Bevölkerung auf Seiten der Republik immer in Richtung Tempel schauen wird und es ihr egal ist, ob die Jedi auf Seiten der Seperatisten eventuell wirklich mehr dem alten Bild der Jedi entspricht. Sie spalten sich ab und sind desshalb die "Seperatisten". Genauso wie viele Patrioten mit komplett republikanischer Haltung als Speratisten angesehen wurden, nur weil sie die Mißstände in der Regierung aufzeigten...