Ich sehe da jetzt keinen wirklichen Unterschied zum sonstigen Verhältnis zwischen Filmen und EU.
Im EU werden doch sehr häufig bestimmte angedeutete Sachverhalte aus dem Film entnommen und mit einem (von vielen potentiell möglichen) Inhalt gefüllt.
Reduziert man die Frage nach Anakins Herkunft auf die Filme so wird die Frage immer offen bleiben: Es kann so sein (Qui Gon hat recht und Anakin wurde von der Macht "geschickt") oder so (Plagueis und Sidious waren es).
Diese beiden Theorien werden nach den Filmen immer gleichberechtigt nebeneinander stehen.
