Ich verstehe das so:
Palpatine will einen Handelsvertrag erzwingen, der a) seinen Verbündeten der TF eine höhere Position einbringt und sie damit auch zufrieden stellt (gefügiger für neue Anweisungen macht) und b) Sympatien auf seine Seite schwingen lässt, die er gut politisch brauchen kann.
Dass Amidala flieht, war primär nicht gedacht, wird aber genauso gut ausgeschlachtet, weil er zwar nun einen leicht geschwächten Partner (TF) hat, er aber mit diesem Schritt die Präsidentschaft um ein soviel schnelleres bekommt.
Dass er Maul hinterher schickt hat folgende Gründe: a) er zeigt seinen Verbündeten, dass er all seine Macht einsetzt, um den Plan durchzuziehen (und das muss er auch, um ihre Loyalität zu halten, was ihm letztendlich auch gelingt) b) bei einem erfolgreichen Zugriff kann er immer noch Amidala zum Unterschreiben der Verträge zwingen (was Anfangs ein weitaus sichererer Plan ist, als ein Mißtrauensvotum zu stellen c) er auf diesem Weg gleich noch einige Jedi abschlachten kann, was für die Sith anscheinend immer ein gewisses Ziel ist...
Aus ähnlichen Gründen schickt er dann schließlich auch Maul nach Naboo: Gunray merkt, dass Sidious sehr wohl auf seiner Seite ist, auch wenn Gunray die Sache jetzt nicht sooo prickelnd findet... aber Sidious zeigt hier ausdrücklich, dass er hinter der TF steht und sichert sich so die Zusammenarbeit für die Zeit der Konföderation. Und wenn er jetzt noch zwei Jedi ausschalten kann, (die sich nach dem Alten Canon eh schon zu viel in die Geschicke der Republik einmischen,) ist das nur noch ein Bonus (im Alten Canon haben die Sith jede Gelegenheit genugzt, um den ein oder anderen Padawan oder Jedi aus dem Weg zu räumen... und jetzt ein Meister?)
Insofern war Palpatine nie erfreut über die Aktion von Valorum, im Geheimen die Jedi nach Naboo zu schicken. Die Verträge waren für seine Pläne wichtig. Aber die Möglichkeit, sofort ein Mißtrauensvotum mit einer geflüchteten, 14 Jahre alten Königin zu starten, waren sogar besser. Also hat er zugegriffen...