Die Notwendigkeit von Klonen bestand ohnehin nur während des Aufstiegs des Imperiums.
Kurz vor dem Ausbruch der Klonkriege bestand ganz einfach offiziell keine Armee der Republik.
Die Republik selbst war zu dem Zeitpunkt also nichts anderes als unsere UN.
Palpatine konnte schlecht im Hintergrund jahrelang Soldaten rekrutieren und ausbilden lassen, um im geeigneten Augenblick plötzlich eine Armee parat zu haben, mit der die Republik die Droidenarmeen der Separatisten bekämpfen konnte, daher boten sich Klone an, die auf der unbekannten Welt Kamino produziert und ausgebildet wurden (man erinnere sich: Dooku hatte zuvor selbst jegliche Einträge Kaminos in den Datenbanken der Jedi gelöscht und die Welt war den meisten unbekannt).
Vorteil Nummer Eins war also eben diese schnelle und effiziente, wie geheime Produktion einer Armee, Vorteil Nummer Zwei die Order 66: Wie wir in TCW erfahren, handelt es sich bei der Order 66 nicht einfach um einen geheimen Befehl, sondern vor Allem um einen "biologischen Chip", der sich im Hirn jedes Klons befindet.
Das Ziel dabei war natürlich die Auslöschung der Jedi im geeigneten Augenblick, ohne jegliche Hinterfragung dieses Befehls.
Lange Rede, kurzer Sinn: Die Produktion der Klonarmee war unheimlich teuer, aber notwendig, um die Klonkriege beginnen und die Jedi auslöschen zu können.
Nach der Ausrufung des Galaktischen Imperiums, war der große Kostenaufwand der Klonproduktion unnötig, da durch Propaganda und Furcht (die durch Gouverneure in verschiedenen Systemen ausgelöst wurde) ohnehin genug Motivation für nicht-geklonte Rekruten bestand.
Die Klone hatten ihre Aufgabe erfüllt und waren nicht mehr notwendig.