Was genau mit den Leichen geschehen ist, wird wohl nie geklärt werden.
Die Amlage auf Mustafer ist sicher nicht in der Lava versunken, zumindest wenn man Episode III ansieht. Immerhin ist dort die Anlage noch zu sehen, lediglich die Sammel Arme sind abgebrochen.
Für die Leichen gibt es dennoch mehrere Möglichkeiten:
Die Leichen wurden von Wartungs Droiden aufgesammelt und entsorgt/bestattet
Die Leichen wurden von den Mustafarianer entsorgt/ beerdigt, nach dem sie die Fabrik inspiziert haben um sie wieder betriebsbereit zu machen.
Darth Sidious hat die Leichen einsammeln und Konservieren lassen um sie später zu nutzen. Schließlich waren die KUS Führer zu dem Zeitpunkt offiziell nicht Tod, sondern nur nicht auffindbar, dadurch rechtfertigte Palpatine weiter den Kriegszustand obwohl die Kampfdroiden Armeen größtenteils abgeschaltet waren.
Die KUS selbst hat die Leichen weg gebracht, nach dem sie später den Planeten aufsuchten.
Immerhin waren Tikkes und Rogwa Wodrata nicht auf Mustafar und ich könnte mir vorstellen das sie es interessieren würde, wenn sie plötzlich keinen Kontakt mehr zu den anderen hätten.