Hm, wenn wir uns AOTC und ROTS anschauen, so gab's da nicht gerade viel Klon-Charakterisierung, das stimmt. Aber es ist trotzdem recht offensichtlich, dass Cody und die anderen Klone, die ihre Jedi-Generäle ohne nachzufragen oder irgendeine Reaktion - Erstaunen, Bestürzung, Irritation, hasserfüllte Genugtuung - ermorden, nicht gerade als selbstständige Personen handeln.
Wenn man fünf Minuten darüber nachdenkt, dann macht eine im Auftrag der Sith von den Kaminoanern durchgeführte genetische Programmierung der Klone sehr viel mehr Sinn als eine psychologische Konditionierung (die es natürlich auch gab). In letzterem Fall hätten die Klone Befehl 66 nämlich niemals mit einer derartigen Gemütsruhe durchgezogen. Wieso auch? Die Klonkriege haben doch zu einer engen Zusammenarbeit, ja, sogar zu emotionalen Bindungen zwischen Klonen und Jedi geführt. Die meisten Klone die wir in ROTS (und im EU und später dann in TCW) sehen, haben auf mich nicht so gewirkt, als hätten sie ein Interesse daran, die Jedi auszulöschen und einem Sith bei seiner Übernahme der Galaxis zu helfen.
Wenn Befehl 66 also nur auf Konditionierung beruhen würde, wären die Klone nach drei Jahren bestimmt eher geneigt gewesen denen zu gehorchen, denen sie tagtäglich gehorchten und denen sie im Kriegsalltag schon gewohnheitsmäßig vertrauen mussten: ihren Generälen. Und wenn sie da im Zwiespalt gewesen wären - die kaminoanische Konditionierung der Norfallbefehle gegen die Alltagserfahrung; hätte sich da in jedem Fall in einer mehr oder weniger starken Unsicherheit, Verwirrtheit, Nachfrage bei dem Sith-Ding oder sogar in einer direkten Befehlsverweigerung geäußert, und nicht in einem locker-flockigen 'It will be done, my Lord'. Die Formulierung allein stellt eigentlich klar, dass die Klone alle unterbewusst gewusst haben müssen, wem sie wirklich dienen: Darth Sidious bzw. dem Orden der Sith.