Man muss ja nicht jeden einzelnen Planeten in einer Materialschlacht niederringen. Schon gar nicht, wenn fast die gesamte Flotte des Gegners an einem Ort versammelt ist, sodass man sie mit einem einzigen Schuss einer Superwaffe vernichten kann. Dass nach dem Erstschlag das Flaggschiff erstmal genutzt wurde um den Widerstand zu vernichten anstatt es gegen die Neue Republik in den Kampf zu schicken, deutet darauf hin, dass letztere wohl einfach keine große Bedrohung mehr darstellte - und das offenbar nur Tage nach dem Angriff. Also wird die EO wohl gar nicht so viele Planeten direkt unterworfen haben indem sie dort ihre Truppen aufmarschieren lies. Viele Planeten werden wohl erstmal gekuscht haben, als die Flotte und der Regierungssitz der Republik vernichtet wurden. Und die, die vielleicht hätten kämpfen wollen, konnten nicht einfach losschlagen, weil sie dann eventuell allein dagestanden hätten. Allein gegen die EO. Um sich aber gemeinsam gegen die EO zu wenden, bräuchte man erstmal Zeit um mit anderen Systemen zu sprechen, herauszufinden, wer mitkämpfen will und um sich auf eine gemeinsame Strategie zu einigen. Und bis man das gemacht und seine Kräfte gebündelt hat, kann die EO eine kleine Regional-Armee nach der anderen besiegen.
Zudem umfasste die Klonarmee anfangs gerade mal 3 Millionen Soldaten (das war die Bestellung von Syfo-Dyas). Angeblich sollen es dann während des Krieges noch mehr geworden sein aber wie viele, ist wohl nicht bekannt. Da man innerhalb der drei Kriegsjahre keine neuen Klone bis zum Erwachsenenalter heranwachsen lassen konnte, dürften es aber nicht so viele gewesen sein. Aber gehen wir einfach mal vom Doppelten aus. Dann hätten 6 Millionen Soldaten für einen galaxisweiten Krieg ausgereicht. Wenn man circa eine halbe oder meinetwegen auch nur eine viertelste Galaxie zur Verfügung und jahrelang lang Zeit hat, ist es sicher möglich, 6 Millionen Menschen zu entführen, ohne, dass dies unter den anderen Entführungen groß auffällt.
Ich würde mal vermuten, wenn auf der Erde in einem Jahr mal weltweit ein paar Hundert Menschen mehr entführt werden als im Vorjahr, würde das nicht besonders auffallen und selbst wenn, würde das noch lange nicht dazu führen, dass die Täter identifiziert und ihnen das Handwerk gelegt werden kann.
Aber man muss auch bedenken, dass wir von der Eroberung der Galaxie erstmal nichts sehen. Es heißt im Lauftext zwar, dass die EO nun die Vorherrschaft hat aber da läuft der Krieg ja erst ein paar Tage. Es kann sein, dass sich dann in E9 herausstellt, dass die Sache danach für die EO nicht weiter so einwandfrei verlaufen ist, weil sich dann doch noch viele regionale Armeen zusammengeschlossen haben und die EO dann zu wenige Truppen und Schiffe hatte um diese schnell zu besiegen.