zu meinem zitierten textteil von dir gibt es ganz einfache antworten. die eliten waren vor tausenden jahren im krieg gegen die propheten und haben sich letzendlich zu einer reinen zweckgemeinschaft mit ihnen verbündet. dazu kamen dann mit der zeit noch die anderen rassen. daraus entstand dann die allianz.
sie mochten sich noch nie und daher war es auch klar, dass irgendwann mal das fass zum überlaufen gebracht wird. dies passierte mit der zerstörung des ersten ringes. die propheten gaben dem gebieter, damals noch anführer der flotte, die die pillar of autumn verfolgte, dafür verantwortlich. dadurch, dass die flotte komplett von eliten geführt wurde, konnten die propheten es zu propaganda-zwecken nutzen und so die brutes stärken. nach den ereignissen in halo 2, als der erste prophet durch den master chief getötet wurde, konnte man wieder den eliten die schuld gegen, da sie für den schutz des propheten zuständig waren.
der rest ergibt sich dann von allein. hat also meiner meinung schon alles so seinen sinn gehabt.